当今的旋转蒸发器通常一次处理多个样品，但是每个样品都必须进行处理而不受其他样品的影响。科学家必须确保没有交叉污染。这需要仔细控制气流。用户还必须保持其系统处于良好状态。保持针头清洁至关重要。如果针孔堵塞，孔将不会变干。在涉及酸的过程中，针可能会腐蚀并堵塞。有些系统使用不锈钢针头；其他人则使用聚四氟乙烯，因此必须为您的应用选择合适的针头。如果一个系统包括一个调节器，那么也必须对其进行维护。沸腾和起泡是蒸发过程中通常出现的问题，可能导致样品损失和污染。罪魁祸首是对特定的应用施加了过多的热量，过多的旋转速度或太多的真空。当样品快速沸腾和冒泡时，会发生碰撞，从而导致浓缩的产品溅出容器。另一方面，起泡是由表面活性剂引起的，表面活性剂可以存在于天然提取物以及人工制成的产品中。起泡比起泡要慢，并且泡沫往往会在蒸发瓶中停留更长的时间。
避免在蒸发过程中发生碰撞的传统方法是通过目视检查-只需观察样品蒸发器培养箱并调整真空压力以免发生碰撞。泡沫本身是无法避免的。它只能减少。减少泡沫的最常用方法是在出现泡沫时打开和关闭旋塞。减少问题的另一种方法是慢慢施加真空。”
通过这些方法，可以使用几种产品，这些产品可以减少发生隆起和起泡时的样品损失和污染，有助于完全消除隆起并最大程度地减少起泡。为了专门解决发泡问题，可以使用消泡剂，大容量烧瓶或专用的玻璃冷凝器，它们为泡沫膨胀提供了更多的空间。一个简单的玻璃泡沫制动器可以帮助防止泡沫进入接收瓶。在蒸发过程中也经常使用颠簸捕集器，它是比主烧瓶小的第二烧瓶。这个额外的烧瓶放在主烧瓶的正上方，这样，如果发生颠簸，样品在被吸入旋转蒸发器或冷凝器的其余部分之前将被捕获在颠簸阱中。将防撞阱排成一行并不能减少撞撞，但可以防止样品流失。真空控制器离问题的根源越来越近。通过控制泵的速度，这些设备可以大大减少或消除碰撞的可能性。自动功能可用于感应溶剂的蒸气压并将其用作设定点。然后是泡沫传感器，该传感器检测蒸发瓶内的泡沫并为系统稍微充气，以确保泡沫破裂。泡沫传感器允许自动，无人值守蒸馏泡沫样品。
